Кримська єпархія Української православної церкви Київського патріархату була заснована в 1996 році з благословення Святійшого Патріарха Київського і всієї Руси-України Філарета. Охоплює парафії Автономної Республіки Крим та Севастопольської міськради. Єпархіальний центр - у Сімферополі.
Становлення Кримської єпархії УПЦ КП відбувалося у важких умовах, насамперед через упереджене ставлення до УПЦ КП представників кримської влади та місцевих проросійських організацій. Непоодинокими були напади на священиків і вірян: так, у 2000-х роках у Херсонесі священнослужителі УПЦ МП підбурили людей на побиття віруючих Київського Патріархату тільки за те, що ті насмілилися прийти помолитися під стіни відновленого за державний кошт собору Святого Володимира - навіть не до самого храму, а лише під його стіни. Але, незважаючи на тиск, єпархія розвивалася, відкривалися нові парафії. У 1996 році Патріарх освятив кафедральний собор святих Володимира й Ольги (будівлю, в якій колись містився Будинок офіцерів, було передано в оренду єпархії на 50 років).
Першим керуючим єпархією став єпископ Антоній (Махота). Він отримав титул "Сімферопольський та Кримський".
2000 року керівництво прийняв єпископ Климент (Кущ), який згодом був піднесений до гідності Архиєпископа Сімферопольського і Кримського.
2006 року на запрошення командувача Військово–Морських Сил України адмірала Ігоря Тенюха Патріарх Філарет благословив початок будівництва військової церкви на честь святого великомученика Климента Римського у місті Севастополі, а також взяв участь у святкових заходах, присвячених річниці заснування Військово–Морських Сил України.
Того ж року на теренах Євпаторії, Сак і Сакського району розпочалося справжнє гоніння на вірян УПЦ Київського Патріархату. Прояви насильства та ненависті особливо відчутні зі сторони представників УПЦ МП, не без підтримки "адмінресурсу". Із храмів міст і сіл проганяють сотні безвинних віруючих, їх принижують лайкою, застрашують і навіть лунають погрози від тих, хто забуває про те, що засновниками й будівничими цих храмів є предки кожного православного християнина, який проживає на згаданих теренах. Розпалювання релігійної ворожнечі, розколювання віруючих наявне у деяких державних закладах, у засобах масової інформації, на вулицях міст і сіл. Наприклад, вірянам Євпаторії, які щойно звершують молитви під відкритим небом, міськвиконком заборонив молитися навіть у пустому полі, а міська газета "Евпаторийская здравница" надрукувала заяву прес-служби Євпаторійського благочиння УПЦ Московського Патріархату, де названо священика і мирян УПЦ КП "группировкой раскольников", а їхню діяльність "святотатственной, незаконной и безблагостной, т. е. бесполезной и опасной...", виголошено погрозу анафематствування та церковної заборони.
Кримська єпархія налічувала 40 парафій, однак через брак священиків повноцінно функціонували не більше 15. Місцева влада практично не виділяла землі для будівництва храмів. Загалом єпархія мала у розпорядженні 9 приміщень, пристосованих для молитов, (2 з них - на території Севастополя), 2 приміщення орендувалися (на території АРК). З 1992 року було збудовано 3 типові храми (всі в АРК), було закладено ще 3 (2 з них на території Севастопольської міськради). В єпархії функціонує 1 монастир, проте йому офіційно землю так і не виділили. Працювали 4 недільні школи (АРК), виходили 2 періодичні видання (по 1 на АРК та Севастополь). Вели свою діяльність 3 православні місії та 1 братство.
У 2007 році проводилася політика витіснення з півострова УПЦ КП. Щойно представники Київського патріархату намагалися зареєструвати громаду або збудувати церкву, місцева влада одразу ж доповідає про це керівництву Московського патріархату, і останні роблять все, аби перебрати ініціативу на себе або й просто зашкодити будівництву, як це було, наприклад, у селі Федорівка Сакського району. На той час зареєстрованих громад УПЦ КП по Криму було менше 20, в тйой час, як УПЦ МП - близько 400.
Втім, проведене у 2008 році Центром Разумкова соціологічне дослідження показало, що 11% мешканців півострова є вірянами Української православної церкви Київського патріархату.
5 жовтня 2008 року владика Климент освятив хрест біля автомобільної траси Сімферополь-Керч, за 20 км від Феодосії в бік Керчі, на височині поряд з братською могилою трьохсот воїнів, які загинули, захищаючи нашу землю від фашистської навали у Другій світовій війні. У подальшому миряни розраховували на будівництво на цьому місці невеличкої каплиці, а потім і храму.
Свого часу, десь рік тому, громада православних мирян Феодосії вже зверталася з проханням до Феодосійської міської ради щодо виділення земельної ділянки для будівництва храму УПЦ Київського Патріархату. Але наштовхнулись на шалений опір: навіть ще місце не було вибране, як почалися добре кимось організовані маніфестації якихось груп феодосійців та "казаків" проти виділення земельної ділянки під будівництво Української Церкви.
Напередодні свята Покрови у 2008 році міська влада Сімферополя відмовила у дозволі на проведення заходів у традиційному місці - біля пам’ятника Т. Г. Шевченку; натомість дозвіл на проведення мітингу біля пам’ятника Кобзареві було надано комуністам. У зв’язку з цим було прийнято рішення утриматися від публічних заходів і просто відвідати літургію у кафедральному соборі УПЦ КП в Сімферополі. Однак 14 жовтня представники КПУ, ПСПУ, партії "Союз" оточили собор, не давши людям відсвяткувати Покрову належним чином. Люди з червоними прапорами галасували і перешкоджали парафіянам потрапити до церкви на літургію; з їхнього боку лунали жахливі випади проти української ідеї, держави, церкви. На службу не змогли потрапити багато віруючих, а отже, відзначити свято належним чином. "Тримаючи свої прапорці і недолугі гасла, ПСПУшники, комуністи та інші проросійські сили декілька годин поспіль репетували під стінами Божого храму, а згодом навіть пересварилися між собою, вирішуючи, напевне, хто з них правильніше і сильніше любить Леніна-Сталіна-Росію", - писала тоді "Кримська світлиця".
У липні 2012 року Сімферопольська міська рада виділила Кримському єпархіальному управлінню землю (0.49 га) під будівництво кафедрального собору Христа Спасителя.
Вночі 29 вересня 2013 р. з кафедрального собору в Сімферополі було викрадено ікону 1800 року, яка на чорному ринку може коштувати близько 150 тисяч доларів. Про це повідомив владика Климент. Він впевнений, що цю крадіжку могли здійснити на замовлення, оскільки викрадена ікона має історичну, культурну та фінансову цінність. При цьому днями в соборі мали підвищити рівень захисту: "Заходів безпеки було вжито від початку, коли ми замовляли броньоване скло на перший поверх. Але фірма, що встановлювала вікна, поставила звичайне скло. І коли ми звернули увагу на підозрілі рухи, ми замовили систему відеонагляду. І завтра її мали би встановити", - зазначив архиєпископ Климент. За його словами, це вже не перша крадіжка в соборі: "Ми повідомляли про те, що в будівлі з'являються люди сумнівної зовнішності. Але міліція Центрального району іґнорувала всі наші повідомлення та заяви". Владика поскаржився, що за 10 років архиєрейського служіння він пережив три крадіжки, й жодної порушеної справи міліція не довела до кінця.
УПЦ КП в Криму зазнала гонінь і переслідувань взимку-навесні 2014 року, після появи на півострові російських військ. Тоді в українців Криму відібрали все. Залишилась тільки віра, яка дає надію.
22 лютого 2014 р. в Євпаторії на жалобному заході зі вшанування загиблих на київському Майдані "тітушки" напали на місцевого священика УПЦ КП о. Ярослава Гонтара. Захід відбувся не на центральній площі, де спочатку планувався мітинг, а на вулиці Дуванова, біля театру. Четверо дітей і дві жінки, що були неподалік в автівці, не постраждали. Увагу трьох "тітушок" відволік на себе о. Ярослав, якого вдарили в голову; на його питання "Чому б'єте священика?" не було відповіді. Як свідчать очевидці й сам потерпілий, учасники заходу не мали при собі ніякої символіки — вочевидь, агресію нападників спровокувало спілкування українською мовою.
16 березня 2014 р. до Покровського храму в селі Перевальне, де була розташована українська військова частина, завітав священик Московського Патріархату з Севастополя (як він відрекомендувався) разом з іншими особами. У розмові з настоятелем, протоієреєм Іваном Катькалом, він, серед іншого, почав вимагати, аби йому показали документацію на храм, та погрожувати, що коли українські військові підуть з Перевального, храм "доведеться віддати".
У квітні 2014 р. настоятелеві храму Покрову Божої Матері в Перевальному силою перекрили доступ до храму. Цинізму ситуації додає те, що це сталося на велике православне свято, Вербну неділю. Невідомі люди в камуфляжі, що перекрили священикові доступ до храму, заявили, що в селі повинні припинитися богослужіння Київського патріархату.
Того ж місяця у Севастополі в УПЦ КП фактично відібрали храм Священномученика Климента Римського на території колишнього Навчального загону Військово-Морських Сил України. Російські вояки, що здійснюють охорону цієї частини, не пускають до храму настоятеля, архимандрита Макарія, етнічного росіянина, колишнього військовослужбовця Військово-морського флоту, та його парафіян. Усі спроби керуючого Кримською єпархією зустрітися з представниками діючої міської влади Севастополя з цього та інших питань виявилися марними.
"У Севастополі церква розташовувалася на території військової частини. Її було зачинено 20 квітня. Ми вели перемовини, там залишалися наші речі, ми мали право хоча б заходити на територію церкви і здійснювати малі приватні молитви. Буквально тиждень тому нам сказали, що якщо ми не вивеземо за тиждень усіх речей, нас більше до церкви не пустять, а всі речі викинуть на вулицю. Коли ми приїхали до військової частини, зрозуміли, що ці погрози не є беззмістовними. Все, що було у приміщенні казарм, з вікон було викинуте на вулицю, там валялися великі купи "сміття": українського одягу, символіки. У церкві викрутили дорогі двері, у кухні зняли раковину та крани. Вкрали гарну ікону. Священик потрапив до лікарні після цього", - розповів владика Климент.
Влітку 2014 року Предстоятель УПЦ КП, Патріарх Київський і всієї Руси-України Філарет повідомив, що "влада" Криму забрала три храми в церкви і погрожує націоналізувати решту.
1 червня 2014 року в с. Перевальне (Крим) проросійські "казакі" розгромили храм Покрову Пресвятої Богородиці УПЦ Київського патріархату, побили священика та його доньку-інваліда, а також вагітну парафіянку; вірян обзивали сатаністами. Проросійські активісти, які розгромили храм, поміняли в ньому замки й не пускали ані священика, ані вірян.
О 8 годині ранку до храму, виламавши двері, з криками "Розкольники, сатаністи, фашисти!" вдерлася група озброєних осіб кримінальної зовнішності, у формі російських "казаків". Вони потрощили внутрішнє облаштування храму; під час погрому були знищені православні реликвії, що перебували в храмі. Нападники, що зайняли сплюндрований храм, висловили намір. Як розповіли свідки, парафіяни перед тим мали намір зайти до храму на недільну службу, проте чоловіки в козачій формі перегородили їм шлях, заявивши вірянам, що не пустять людей до церкви, і вимагаючи забратися. Парафіяни обурилися через таке ставлення і розташувалися в транспорті, проте їхати відмовилися. Тоді, за свідченнями очевидців, "казакі" з нагаями та битами стали трощити їхні авта. Коли ж настоятель, протоєрей Іван Катькало, прибув до храму, погромники з лайкою напали на нього, заблокували і розбили його автомобіль. На захист свого пастиря виступили парафіяни, які також постраждали від побиття нападниками. Отець Іван почав сваритися з представниками "казаків", обурюючись їхнью поведінкою, попередивши, що зараз сюди приїдуть одновірці. Проте опоненти сприйняли це повідомлення як загрозу і одразу звернулися по допомогу до "самооборони Криму". За деякий час до храму прибули представники вказаного парамілітарного формування, озброєні автоматами. За їхніми словами, вони прибули сюди, щоб "не допустити провокацій з боку активістів Правого сектора". Також тут перебували кілька літніх людей з плакатами, що протестують проти присутності парафіян УПЦ КП. Пізніше панотець зателефонував до поліції. Також на місце інциденту були запрошені представники ЗМІ, проте знімати події люди в камуфляжі забороняли, погрожуючи журналістам. На всі звернення до російської поліції в Криму спочатку не було жодної відповіді. Лише за три години прибули поліцейські, які, однак, відмовилися об'єктивно розслідувати цей злочин, ставши на бік нападників. Як бандити-"казакі", так і поліцейські пояснювали свої дії тим, що "Київський Патріархат веде антиросійську діяльність, і йому не місце у російському Криму".
Як стало відомо, напередодні до о. Івана додому приїздив священик Московського Патріархату, протоєрей Димитрій, і вимагав добровільно "звільнити" храм, заявивши: "Це твої останні дні в Криму".
Згадує о. Іван Катькало:
"Загалом їх було, напевно, чоловік п'ятдесят, місцевих близько десятка, а решта приїхали ряжені - чи то козаки, чи самооборона, Бог їх знає, з шаблями, нагайками, ножами. Я приїхав на восьму годину на ранкову службу, а вони вже стояли під храмом і чекали. Коли побачили, що я припарковую машину, кинулися до мене з тими нагайками. То я тоді в машині просто зачинився зі своєю родиною, бо нікого поруч не було - ми тільки втрьох приїхали, а парафіяни ж на 9-у годину приходять. Намагалися мою машину перекинути, колеса поспускали, вікна хотіли побити, радіатор лазили пробивати. І це при тому, що я інвалід другої групи, у мене дитина хвора на дитячий церебральний параліч! А потім виламали з церковних дверей замок, поставили туди свій, і тепер там служитиме Московський патріархат. А я цю церкву відновив з руїн, бо коли приїхав у Перевальне 12 років тому, вона була геть обдерта. Я замінив купол, хрест, поштукатурив стіни іззовні та зсередини, поставив нові пластикові вікна, залізні двері, на яких була виварена ікона. Мені радять: виїжджайте, поки не пізно, поки вас не вбили. Нападники мені сказали - якщо ти не поїдеш з Криму, ми тебе придушимо, а твою сім'ю вб'ємо. І вони говорили це при поліції, відкритим текстом. Весь час, де б не був, я розмовляю українською мовою, а для них це ознака того, що я "бандерівець", бо вони україножери, і як тільки чують українську мову, їх починає тіпати".
Після цих подій отець Іван був змушений залишити Крим.
"Парафіяни дуже просили, щоб я повернувся, і владика Климент умовляв і казав, що вже дали таку "бумагу", що нас не чіпатимуть. Але на цю "бумагу" ніхто не зважає..."
В той час почався тиск на парафії Євпаторії.
Більш ніж 10 років парафіяни разом з настоятелем домагалися надання земельної ділянки під будівництво храму в Євпаторії. Місцева влада, яка повністю ігнорувала вирішення цього питання, всіляко сприяла лише одній конфесії — УПЦ МП.
У вересні 2013 р. було зведено стіни Хрестовоздвиженського храму в Євпаторії. Наступного дня після першої Служби Божої, 28 вересня невідомі вандали облили споруду храму чорнилом.
У жовтні 2013 р. міська рада прийняла дві постанови про демонтаж храму. Наступного місяця УПЦ МП проводить у місті грандіозний мітинг "За сохранение канонического православия", проти будівництва храму УПЦ КП. Тоді ж у храмі замироточив запрестольний хрест.
У ніч з 2 на 3 грудня 2013 р. храм було підпалено; баню не врятовано. Згодом було відновлено баню і встановлено на ній хрест. Роботи з накриття та встановлення бані завершилися тільки за рік.
2014 рік відзначився стрімким зростанням пастви УПЦ КП в Євпаторії, проте вже восени 80% парафіян залишили Крим.
Того року євпаторійські громадські діячі виступали з ініціативою демонтувати храм УПЦ КП, доводячи, що саме існування цього храму в місті є незаконним, що його присутність у житловому кварталі заважає мешканцям, і погрожуючи судовими позовами проти місцевої громади УПЦ КП.
У середині червня 2014 р. стало відомо, що на адресу тих, хто надає приміщення та організовує богослужіння для вірян УПЦ КП, лунають погрози, чиниться тиск не лише на адміністративному та юридичному, а й на силовому рівні.
2 липня 2014 р. стало відомо про припинення діяльності Святодухівської парафії УПЦ КП у Красноперекопську, яка проіснувала лише два роки. Фактична ліквідація парафії відбулася в результаті телефонних погроз активним учасникам церковної громади; також деякі з них мали неприємні зустрічі з працівниками ФСБ.
6 липня 2014 року перед кафедральним собором УПЦ КП в Сімферополі під охороною "казаків" і "самооборони" відбувся так званий "антитерористичний мітинг", учасники якого розгорнули плакати з написами "Киевский патриархат = нацизм", "Мы против раскола", "Киевский патриархат – политическая организация", "Россия, Украина, Белоруссия – славянские народы-братья". Незважаючи на те, що акція була анонсована як "мирне зібрання", учасники дозволяли собі войовничі висловлювання та образливі плакати. Проте віряни побоювалися можливих провокацій, тому вранці закрили церкву. Під час мітингу в храмі перебували віряни, які були на літургії або прийшли помолитися пізніше. В єпархії зазначили, що вірян налякали дії агресивно налаштованих людей у камуфляжній формі. Владика Климент звернувся до правоохоронців з вимогою попередити порушення правопорядку та захистити права віруючих. Однак у черговий частині заявили, що люди мають право протестувати проти Київського Патріархату, оскільки в його головному храмі в Криму нібито збирається українська самооборона. Пізніше до собору прибули правоохоронці, після чого бойовики "Салгирського казацтва" та їхні прихильники розійшлися. У прес-центрі ГО "Відсіч" повідомили, що ближче до 14:00 за Києвом "казакі" та "самооборона Криму" таки напали на храм, заявивши, що таким чином вони знищують осередки фашизму. В повідомленні йшлося, що віряни на чолі з владикою Климентом намалися захистити храм; поліція при цьому не втручалася. Однак підтвердження про напад з інших джерел не надходило.
За словами владики Климента, на той час жодне богослужіння в сімферопольському головному храмі УПЦ КП не минає без провокацій. "Ось вже протягом півроку триває подібна вакханалія. Замок на дверях храму то заливають клеєм, то забивають ганчірками. Ми вже змінили велику кількість замків, а вони все не вгамуються", – сказав він, додавши, що напередодні святкових богослужінь стіни церкви обклеювали листівками з погрозами і лайливими висловами.
Увечері 21 липня 2014 р. невідомі спалили дачний будинок владики Климента в селі Мраморне Сімферопольського району. Поруч із цим будинком був розташований храм на честь Преображення Господнього УПЦ Київського патріархату. Ця територія є приватною власністю владики Климента. Те, що сталося, владика Климент розцінив як попередження про те, що наступним підпалити можуть сам храм, який розташований поруч з тепер уже згорілим дачним будинком.
У грудні 2014 року кримських священиків УПЦ КП стали викликати до ФСБ на "профілактичні бесіди" з "запобігання екстремістській діяльності". схиляючи до співпраці, погрожуючи та залякуючи. Від них вимагали надавати інформацію про дії та плани владики Климента і його парафіян. Практично всі бесіди відбувалися з порушенням процедурних норм - співробітники ФСБ приходили до квартир і будинків священиків, до храмів, проводили допити в машинах і т.д. Після відмови у співпраці священикам погрожували кримінальним переслідуванням за сфабрикованими справами за "сепаратизм" та "екстремізм". Через тиск деякі священики були змушені залишити півострів.
Напередодні Різдва Христового, 6 січня 2015 р., громаду УПЦ КП в Саках позбавили храму.
7 січня 2015 р., у день Різдва Христового, у кафедральному соборі УПЦ КП в Сімферополі близько півтори сотні людей помолилися за мир і єдину Україну. "Ми нічого в молитвах після анексії Криму Росією не скорочували і не будемо скорочувати, – сказав владика Климент. – Ми, наприклад, читаємо написану Патріархом Філаретом молитву про примирення, яка також виголошується у Володимирському соборі в Києві. Буде прочитана молитва за єдність країни, за наше українське військо. Тобто ми живемо єдиним життям з нашою помісною церквою Київського патріархату".
Кількість парафій УПЦ КП в Криму на той час продовжувала скорочуватися: з 15 лишилося 9. Загроза закриття нависла й над головним храмом у Сімферополі. За України орендна платня була суто символічною – 1 гривня на рік. Згодом єпархію перевели на комерційний розрахунок.
Наприкінці лютого 2015 року Кримській єпархії УПЦ КП запропонували "добровільно" відмовитися від земельної ділянки, на якій планувалося звести собор. Нова кримська влада захотіла побудувати на цій землі багатоповерхівки для співробітників ФСБ. До міськадміністрації Сімферополя звернулося Управління ФСБ Росії в Криму "з приводу питання попереднього погодження надання ділянки", акт про вибір якої вже затверджено "головою" Криму Сергієм Аксьоновим. Йдеться про ділянку загальною площею 3 га, розташовану по вул. Київська в створі будівель "Національної академії природоохоронного і курортного будівництва" та Української школи-гімназії. На ній планується побудувати багатоквартирне житло для кримських ФСБшників в рамках "російської федеральної програми по забезпеченню військовослужбовців та членів їх сімей житловими приміщеннями". Причому, вказана земельна ділянка частково охоплює ділянку площею 0,49 га, раніше надану Управлінню Кримської єпархії УПЦ Київського патріархату в постійне користування ще навесні 2013 року, рішенням міськради Сімферополя від 25 квітня. Землею пропонується "поступитися" шляхом "добровільної відмови" УПЦ КП від права постійного користування цією ділянкою.
У березні 2015 року стало відомо про відібрання храму УПЦ КП в с. Осовини (Ленінський район).
Від весни 2014 року представникам кримських громад УПЦ КП та УГКЦ не було місця на міжконфесійних нарадах.